Prezbiterium
Najstarszą częścią kościoła jest gotyckie prezbiterium z wysokimi oknami. Pochodzi z pierwszej połowy XIV wieku, ale jego dzisiejszy wygląd jest wynikiem regotycyzacji. Projekt Josefa Seyfrieda (1865–1923) z 1901 roku, związany również z radykalną wymianą pierwotnego sklepienia prezbiterium na nowe sklepienie neogotyckie, został zrealizowany rok później. Architekt wyposażył sklepienie w stiukowe żebra, do ściany dołączył cylindryczne podpory z roślinnymi kapitelami i ślepe arkady z ostrołukami. Remont prezbiterium dopełniły historyzujące ornamentalne malowidła z 1903 roku autorstwa Hansa Martina (1853–1919) z Monachium (przemalowane w 1954 roku, całkowicie zatynkowane w 1976 roku).
Ołtarz główny św. Jana Chrzciciela (1)
Salomon Steinhoffer (pracownia) – drewno – lata 60. XVII wieku
Najcenniejszym zabytkiem wnętrza jest wczesnobarokowy ołtarz główny. Został zamówiony przez hrabiów Gaszynów z Gaszyna, właścicieli hulczyńskiego majątku w latach 1629–1727. Byli oni członkami tradycyjnej szlachty katolickiej i wiernymi zwolennikami Habsburgów. Jan Jerzy Gaszyn (†1657) ożenił się po raz drugi w 1640 roku z Anną Marią z Oppersdorfu (1623–1663), która miała bezpośredni związek z autorem ołtarza, śląskim rzeźbiarzem Salomonem Steinhofferem (?–1665), który przez długi czas pracował w służbie rodziny Oppersdorfów.
Jest to wzorcowy przykład katolickiego ołtarza z okresu wczesnego baroku. Składa się z potężnego retabulum o piramidalnej kompozycji podzielonej kolumnami na kilka poziomów, wyposażonego w nisze na rzeźby i centralny obraz. Charakterystycznym znakiem epoki jest tzw. ornament małżowinowo-chrząstkowy zdobiący krawędzie i szczyty architektury ołtarza. Swoją nazwę zawdzięcza podobieństwu do kształtu chrząstek i małżowin usznych ludzkiego ciała.
Obraz ołtarzowy %*%Chrzest Chrystusa” nawiązuje do poświęcenia świątyni św. Janowi Chrzcicielowi. Oryginalne płótno zostało około 1880 roku zastąpione nowym obrazem autorstwa Jana Bochenka (1831–1909). Architekturę retabulum zdobi duża liczba postaci świętych. Po bokach obrazu ołtarzowego znajdują się figury patrona kraju św. Wacława i św. Wawrzyńca, czczonego wówczas jako patrona miasta Hulczyn, które było nękane licznymi pożarami. W centrum znajduje się rzeźba św. Jerzego z zabitym smokiem (wraz z Chrzcicielem, patrona Jana Jerzego Gaszyna), po bokach św. Józef z Dzieciątkiem Jezus i św. Anna z Dziewicą Maryją jako młodą dziewczyną (patronką Anny Marii z Oppersdorfu). W nastawie ołtarza znajduje się kolejne odniesienie do wezwania kościoła – odcięta głowa św. Jana Chrzciciela na misie, otoczona aureolą. Po bokach znajdują się rzeźby świętych dziewic, św. Barbary z wieżą i św. Małgorzaty z mieczem. Na samym szczycie rozciętego frontonu góruje Madonna z Dzieciątkiem Jezus, odziana w niebieski płaszcz usiany złotymi gwiazdami. Stojąca na sierpowatym księżycu, symbolu czystości, jest wyposażona w atrybuty władzy, czyli koronę i berło. Jabłko trzyma Dzieciątko Jezus, które prawą ręką udziela błogosławieństwa.

Ołtarz ma marmurową neogotycką mensę wykonaną w 1905 roku przez kamieniarza Wilhelma Drechslera (1865–1919) z Opawy, który stworzył również neogotyckie tabernakulum. Nie pasowało ono jednak stylistycznie do ołtarza, dlatego w 1922 roku zostało przekazane do kościoła w Przywozie. Jego miejsce zajęło oryginalne późnobarokowe tabernakulum z figurami adorujących aniołów z końca XVIII wieku (podobno z 1790 roku).
Dodajmy, że Gaszynowie później często współpracowali z pracownią Steinhoffera. W ramach tej współpracy rzeźbiarz stworzył swoje najważniejsze dzieło, czyli ołtarz główny i ławki chóralne dla kościoła Wniebowzięcia NMP w Raciborzu (1653–1660) oraz ołtarz i krucyfiks dla kościoła dominikanów pw. św. Jakuba, w którym Gaszynowie mieli swoją kaplicę. W tamtejszej rodzinnej krypcie spoczęły również ciała Jana Jerzego i Anny Marii.
Pohled do kněžiště, dobová fotografie, 30. léta 20. století.
Witraże (2)
Emmanuel Lazar – malowane szkło – 1902–1904
Wraz z renowacją prezbiterium zakupiono nowe witraże, wykonane w pracowni artystycznej Emmanuela Lazara z Raciborza. Hulczyński farmaceuta Cesar Heisler podarował stojącą z lewej strony witrażową figurę z motywem Świętej Rodziny. Po przeciwnej stronie znajduje się okno z Matką Boską i jej rodzicami, św. Joachimem i Anną. Okna z tzw. ornamentowym wzorem dywanowym zostały ufundowane przez mieszkańców wiosek należących do parafii (Bobrovníky, Rovniny, Vřesina, Darkovičky).